야권은 29일 국회 본회의에서 세종시 수정안이 부결된 것과 관련, "원안에 바로 착수해야 한다"고 한 목소리로 주장했다. 민주당 정세균 대표는 이날 오후 세종시 수정안 표결 직후 기자간담회를 열고 "오늘 세종시 원안 추진에 대한 방해 세력이 종지부를 찍게 돼 다행스럽다"며 "더 이상 갈등을 유발시키거나 국민을 괴롭히지 말라는 뜻에 따라 원래대로 잘 추진하는 책무가 남았다"고 강조했다. 정 대표는 세종시 원안을 둘러싼 '플러스 알파' 논란에 대해 "법을 뜯어 보면 9부2처2청으로 이전하는 행정중심 복합도시 기능에 문화, 교육, 과학 등 여러가지 기능이 다 들어있다"며 "정상적으로 추진할 생각은 안하고 해석을 달리해 다른 소리를 하고 있다"고 여당을 비판했다. 그는 "정부가 이번 결과에 승복하지 않고 이전 변경고시를 이행하지 않으면 법적, 정치적 책임을 면치 못할 것"이라며 "그래도 간 크게 직무를 방해한다면 국민적 심판에 정치적 심판, 거기에 법적 책임까지 물게 될 것"이라고 경고했다. 노영민 대변인도 국회 브리핑을 통해 "오늘의 결과를 환영하며 국민의 뜻과 명령에 따라 앞으로 세종시가 정상적으로 건설, 완공될때까지 모든 노력을 다할 것"이라며 "정부는 조속한 원안 건설 추진에 매진해야 할 것"을 요구했다. 진보신당 조승수 원내대표는 "오늘 최종적으로 부결된 것은 당연한 결과"라며 "원안대로 충실하게 보완하면서 추진해 나가기 위해 정부 고시 등 필요한 조치들을 신속히 이행할 것"을 촉구했다. 민노당 우위영 대변인도 논평을 내고 "수정안 부결은 이명박 정권의 오만과 독선의 정치에 대한 또 하나의 심판"이라며 "정부는 더 이상 왈가왈부하지 말고 역사의 명령과 국민의 요구대로 세종시 원안 추진에 바로 착수해야 한다"고 밝혔다. 우 대변인은 "이미 1년전부터 추진돼야 할 세종시가 정부여당에 발목 잡혀 충청주민들의 정신적, 물질적 피해만 가중시켰다"며 "수정안 부결에 앙심을 품고 국민에 또 다시 반기를 드는 어리석은 망동은 결코 용납되지 않을 것"이라고 경고했다. 이날 국회 본회의에서는 '신행정수도후속대책을 위한 연기·공주지역 행정중심복합도시특별법정부개정안'(행정중심복합도시특별법)이 상정, 재적의원 275명 가운데 찬성 105표, 반대 164표, 기권 6표로 부결됐다.