6·3 대선의 투표가 3일 오전 6시부터 전국 1만4295개 투표소에서 일제히 시작돼 오후 8시까지 이어진다. 이후 개표작업에 들어가 이르면 자정께 당선인의 윤곽이 드러날 것으로 보인다.이번 대선에선 지난 29∼30일 진행된 사전투표율이 역대 두 번째로 높은 34.74%를 기록해 최종 투표율에도 관심이 쏠린다. 사전투표에서 상대적으로 소극적 투표 성향을 보였던 영남권과 역시 전국 평균 투표율을 밑돌았던 수도권, 충청권 등에서 어느 정도 투표에 참여할 지가 관건이다.이번과 같이 보궐선거로 치러진 2017년 19대 대선의 경우 사전투표율은 26.06%, 최종 투표율은 77.2%였다. 2022년 20대 대선에서는 역대 최고치의 사전투표율(36.93%)을 기록했지만, 최종 투표율은 77.1%로 직전 대선과 큰 차이가 없었다.본 투표는 사전투표 때와는 달리 유권자들의 주민등록지에서만 가능하며, 투표소는 각 가정에 배송된 투표안내문, 구·시·군청의 '선거인명부열람시스템' 또는 중앙선거관리위원회 홈페이지의 투표소 찾기 연결 서비스를 통해 확인할 수 있다. 투표하러 갈 때는 주민등록증, 여권, 운전면허증 등 사진이 부착된 신분증을 반드시 지참해야 한다.선거 당일 오후 8시 투표가 마감되면 투표소 투표함에는 투입구 봉쇄 및 특수봉인지 봉인 조치가 이뤄진다. 이어 투표관리관·참관인은 경찰의 호송 아래 개표소로 투표함을 이송한다. 투표 참관인은 후보자마다 투표소별로 2명씩 배치된다.개표는 오후 8시 30∼40분께부터 시작되며, 총 254곳의 개표소가 설치되고 7만여명의 개표 인력이 투입된다. 개표 참관인은 구·시·군마다 후보자를 추천한 정당은 6명, 무소속 후보자는 3명씩 배치한다.개표는 봉투가 없는 투표지와 봉투가 있는 투표지로 분류해 진행되며, 이번 대선부터 개표 과정에 수검표가 도입된다. 봉투가 없는 투표지는 관내 사전투표, 본투표 순서로 진행된다. 회송용 봉투를 개봉해 투표지를 꺼내야 하는 관외 사전투표와 재외국민·선상·거소투표의 개표는 별도 구역에서 진행된다. 투표지 분류기가 후보자별로 투표지를 분류하면 개표사무원이 한 장씩 손으로 확인하는 절차를 거친다.당선인 윤곽은 개표가 70∼80% 완료될 것으로 예상되는 자정께부터 드러날 전망이다. 선관위 관계자는 2일 "이번 대선은 보궐선거인 만큼 개표가 일반 대선보다 2시간 늦은 오후 8시를 넘어 진행된다"며 "통상적인 기준으로 자정에 즈음해 당선인 윤곽이 나올 것으로 예상된다"고 밝혔다.다만 최종 투표율과 투표소별 개표 진행 상황, 후보자 간 접전 여부 등에 따라 개표 결과 시간에 차이가 생길 것으로 예상된다. 막판까지 접전이었던 2022년 20대 대선의 경우 이튿날 오전 2시께 윤석열 전 대통령의 당선 유력이, 이번 대선과 마찬가지로 보궐선거로 치러진 2017년 19대 대선의 경우 당일 오후 10시께 문재인 전 대통령의 당선 유력 결과가 나왔다.