제9회 6·3 전국동시지방선거 당시 선거 당일 현장에서 집계된 투표자 수와 중앙선거관리위원회가 개표 후 최종 공개한 투표자 수 사이에 수백 명 규모의 차이가 발생하는 등 투표 종료 이후에도 통계 수정 및 조작이 이뤄졌다는 의혹이 제기됐다.   3일 연합뉴스가 '제9회 전국동시지방선거 투표소별 시간대별 투표자 수' 자료를 분석한 결과, 서울 관악구 삼성동의 선거 당일 오후 6시 기준 현장 최종 투표자 수는 총 7,680명이었으나 선관위 홈페이지에 공개된 최종 개표 기준 투표자 수는 7,299명으로 381명 적게 집계된 것으로 확인됐다.   성북구 삼선동에서도 비슷한 상황이 발생했다. 선거 당일 현장에서 집계된 투표자 수는 7454명이었지만, 선관위 개표 결과에는 선거일 투표자 수가 7270명으로 184명 더 적게 집계됐다.반대로 개표 결과에 나온 투표자 수가 선거 당일 집계된 수보다 더 많았던 지역도 있었다. 광진구 구의제1동은 선거 당일 투표자 수가 7603명이었지만, 개표 기준으로 공개된 투표자 수는 7780명으로 177명 더 많았다. 중랑구 묵제1동과 강남구 개포2동 투표자 수 역시 개표 기준 투표자 수가 선거 당일 취합된 수보다 각각 157명, 147명 더 많게 나타났다.이들 지역 외에도 선거 당일 현장에서 집계된 투표자 수와 개표 기준 투표자 수가 달랐던 곳은 427개 서울 행정동 중 337곳에 달했다. 전체 행정동 중 78.9%에서 오차가 크고 작은 오차가 발생한 것이다.선관위는 선거 당일 시간대별 투표자 수를 입력하는 과정에서 오입력 실수를 은폐하기 위해 투표자 수 통계 조작을 벌인 것으로 파악됐다. 특정 지역에서 직원의 실수로 투표자 수를 잘못 입력하는 경우, 이를 다른 시간대 또는 다른 지역 투표소에 나눠 분산하는 방식으로 '숫자 맞추기'를 해 오류를 수정했다는 것이다.그러나 오후 6시 기준으로 집계된 현장 최종 투표자 수마저 개표 기준으로 투표자 수와 큰 차이를 보는 것으로 나타나면서, 투표가 모두 종료된 이후에도 투표자 수의 임의 수정·조작이 이뤄진 것이 아니냐는 의혹이 제기된다.국민참정권 침해 진상규명을 위한 검경 합동수사본부(본부장 김태훈 서울중앙지검 3차장검사)는 투표 종료 후 허위 입력 및 조작이 이루어진 정황을 포착하고 전방위 수사에 나섰다. 합수본은 지난달 31일 중앙선관위 관계자를 피의자 신분으로 불러 투표 마감 후 통계 수정 경위 및 상부 지시 여부 등을 집중 추궁했다.