검사의 보완수사권 박탈로 특별사법경찰관(특사경)도 큰 변화를 맞게 됐다. 특사경은 이번 형사소송법 개정으로 검사의 수사지휘권이 사라졌다. 일상에서 벌어지는 각 분야에서 수사권을 행사하는 특사경은 2만여 명에 달한다.　 정부 각 부처와 지방자치단체 소속인 특사경은 행정 분야의 전문성을 활용해 경찰이 다루기 어려운 전문 범죄를 수사하고 있다. 다가오는 10월 2일을 기해 검찰청이 폐지되면서 70년 역사의 특사경이 운영에 대혼란이 예상된다. 　 특히 순환 인사라는 공무원 조직의 특성상 전체 특사경의 80% 이상이 수사 경력 3년 차 미만이 우려의 핵심이다. 공소청 검사는 경찰과 마찬가지로 특사경에 대해서도 보완 수사를 요구할 수 있으나 지휘권은 사라졌다. 　 형사사법 체계 개편 전까지 보완이 필요하다는 지적이 계속되고 있으나 수사기관의 장이 누군지에 대해서는 아직 정해진 것이 없다. 새 형소법에서는 "다른 기관과 수사가 겹치면 수사기관의 장이 이에 대한 협의를 수사권 관할 조정협의회에 신청할 수 있다"고 되어 있다. 특사경 수사가 중앙 또는 지방 정부의 영향을 받을 수 있다는 우려도 나온다. 　 이의 제기나 수사 관할 조율을 위한 현안 파악을 명분으로 중앙 부처의 장관이나 지자체장이 특사경 수사에 관여할 가능성이 있기 때문이다. 특사경 수사 과정에서 밝혀진 추가 범죄 처리가 복잡해질 가능성도 있다. 　 가령 특사경이 불법 의약품 판매를 수사하는 과정에서 뇌물, 횡령 등의 범죄 혐의를 포착할 경우 지금까지는 특사경의 수사를 지휘하는 검사가 직접 수사에 나설 수 있었다. 하지만 10월부터 검사의 수사권과 특사경 지휘권이 사라지기 때문에 추가 범죄를 다른 수사기관에 넘겨야 한다. 　 공소청 검사가 해당 혐의를 경찰 등에 별도로 신고하거나, 수사를 요청하는 정도밖에는 방법이 없어 보인다. 이 과정에서 사건을 넘겨받은 경찰 등이 수사에 나서는 데 시간이 걸릴 수도 있다. 　 대구 경북을 비롯한 광역자치단체에 소속된 한 특사경은 "개정이 진행 중인 사법경찰직무법이나 새 형소법 시행령 등에서 이러한 미비점을 국민 눈높이에서 잘 설계해야 현장 혼란이 줄어들 수 있다. 　 형소법에서는 특사경이 수사한 모든 사건은 공소청에 넘기는 '전건 송치'를 적용하도록 하고 있다. 특사경이 혐의가 없다고 판단한 사건에 대해서도 공소청 검사가 다시 한번 들여다볼 수 있도록 했으나 그 실효성에서는 기대 반 우려 반이다.