윤석열 정부 검찰의 조작 수사·기소 의혹을 규명하기 위한 이른바 '조작기소 특검법'을 두고 위헌성에 대한 찬반 논란이 일고 있다. 이재명 대통령이 자신과 관련된 사건의 조작기소 여부를 수사할 특별검사를 고르는 것이 헌법적으로 타당한지, 검사의 수사권을 폐지한 개정 형사소송법 시행에도 특검 파견검사에는 수사권을 부여하는 것이 적법절차 원리와 평등원칙에 부합한 지가 최대 쟁점으로 꼽힌다.8일 법조계에 따르면 6일 더불어민주당 주도로 국회를 통과한 조작기소 특검법안에 열거된 수사 대상 전체 12개 항목 가운데 6개 항목에 이 대통령 관련 사건이 포함돼 있다. 대장동·위례신도시·백현동 개발 관련 배임 대장동·백현동 개발 관련 공직선거법 위반 사건, 쌍방울 대북송금, 성남FC 후원 관련 뇌물 등이 이에 해당한다.    이처럼 대통령이 자신과 관련된 사건의 수사·기소 과정을 검증할 특검을 여당을 포함한 정당의 추천을 받아 선택하는 구조는 헌법상 권력분립 원칙에 어긋난단 지적이 나온다. 김대환 서울시립대 로스쿨 교수는 "'누구도 자기 재판의 판사가 될 수 없다'는 원칙은 자연적 정의(Natural Justice)로 헌법 위의 헌법"이라며 "자신의 사건을 수사할 사람을 본인이 임명하는 것은 굉장히 모순적이고 헌법에 맞지 않는 것"이라고 비판했다. 특검의 규명 대상이 검찰의 수사·공소권 남용 의혹인 만큼 조사 대상에 이 대통령 사건이 포함됐다는 이유만으로 임명 구조가 부당하다고 보기는 어렵다는 반론도 있다. 이헌환 아주대 로스쿨 교수는 "조작기소가 의심되는 사건 중 대통령 사건이 포함돼있단 것은 정치적 비판은 될 수 있겠지만 법리적으로 타당한 비판은 아니다"라고 말했다. 아울러 특검법은 파견검사가 수사권과 지휘권을 모두 행사할 수 있도록 했다. 지난달 시행된 개정 형사소송법으로 공소청 검사의 수사권이 전면 폐지됐지만, 특검법 부칙에 '파견검사 직무에 관해 수사권·지휘권과 관련한 부분은 형사소송법 개정안 시행 전 규정을 따른다'고 정해 조작기소 특검에 파견된 검사만 예외적으로 수사권을 인정했다.이를 두고는 특검 수사 대상인 피의자와 일반 사건 피의자 사이에 수사 절차상 차이를 두고 헌법상 평등 원칙과 적법절차 원칙에 어긋날 수 있다는 지적이 나온다. 차진아 고려대 로스쿨 교수는 "다른 사건 피의자들은 '나도 법적 전문성을 갖춘 검사에게 수사받고 싶다'고, 반대로 특검 사건 피의자는 '수사·기소권을 다 가진 검사가 문제라는데 우리는 왜 다 쥔 검사에게 수사를 받아야 하느냐'고 주장할 수 있다"며 평등원칙 위배 가능성을 지적했다.반면 이헌환 교수는 "특별법 자체는 입법 재량이라 (파견검사에 수사권을 준 것) 자체로 문제는 아니다"라면서도 "특별법이 관련 규정을 명시하지 않고 효력을 상실한 법 규정을 준용한다고 해서 명확성 원칙이나 적법절차 원칙에 위반될 여지가 있다"고 짚었다.재판 중이거나 확정된 사건을 특검이 수사하도록 한 것을 두고 재판 독립성 침해 지적도 나온다. 김대환 서울시립대 로스쿨 교수는 "기소가 잘못됐는지는 법원이 판단하면 되는데, 특별한 계기 없이 사법부를 우회해서 별도 특검을 만든단 것 자체가 삼권분립에 대한 도전이자 재판 관여로 볼 수 있다"고 말했다. 반면 정태호 경희대 로스쿨 교수는 "수사·기소권 행사의 적정성을 따지는 것이지 이를 재판부에게 꼭 반영하라고 명령한다 것도 아니다"라며 "사법권 독립을 침해한다는 주장은 맞지 않는다"고 밝혔다.