2006년 가족이나 본인이 쌀소득보전직불금을 수령한 비농업자 중 공무원이 3만9971명, 공기업 임직원이 6213명인 것으로 나타났다. 감사원이 지난해 3~5월 감사를 실시해 14일 공개한 '쌀소득보전 직접지불제 운용실태'에 따르면 2006년 쌀소득보전직불금을 수령한 99만8000명 중 실경작자가 아닌 것으로 추정되는 영농 외 직업 종사자는 총 17만 3497명으로, 공무원과 공기업 직원 외에 회사원 9만9981명, 금융계 종사자 8442명, 의사·변호사 등 전문직 2143명, 언론계 종사자 463명 등이 직불금을 받았다. 이 외에 직업은 밝혀지지 않았으나 영농기록이 없어 실경작자가 아닌 것으로 추정되는 사람도 11만명으로, 총 28만여명이 직불금을 부당하게 지급받은 것으로 추정됐다. 특히 직불금을 받은 서울·과천 거주자 4662명(2006년 30억원, 1인당 65만원) 가운데 수령자의 본인 또는 가족이 직업을 가진 사람은 2942명으로 이중 공무원이 520명(17.7%), 공기업 임직원이 177명(6.0%), 회사원이 1780명(60.5%), 금융계 종사자가 121명(4.1%), 전문직(의사·변호사 등)이 73명(2.5%) 등이었다. 또 감사원이 서울·과천 거주자 중 월소득액 500만원 이상의 경기도 소재 농지 소유자로 직불금 50만원 이상을 수령한 124명에 대한 실경작 여부를 확인한 결과 16개 농가만이 실경작자였고 나머지 농가는 실제 경작을 하지 않으면서 직불금을 받은 것으로 나타났다. 감사원은 이와 관련, 직불금 수령자의 17~28%에 해당되는 비농업인에 대해 2006년 1683억원의 직불금이 지급된 것으로 추정된다"며 "결과적으로 쌀 생산농가의 소득감소분을 보전하기 위한 직불금이 실제 농업에 종사하는 농업인 이외에 농지를 소유한 비농업인에게 부당하게 지원되고 있었다"고 지적했다. 또 동일 농지에 대해 지주와 실경작자가 각자 다른 주소지에서 직불금을 신청해 이중으로 직불금을 받은 경우도 2005년 3226건, 2006년 1970건 등 총 5196건, 12억 3918만원에 달했다. 반면 2006년 농협수매실적이 있는 실경작 농가 53만명 중 7만1000명은 직불금 1068억원(농가당 150만원)을 수령하지 못했으며, 김포·용인·파주·포천시의 경우 1331명(76%)은 지주의 압력과 반대로 직불금 신청을 일부 누락하거나 아예 신청조차 하지 못한 것으로 확인됐다.