문재인 대통령이 윤석열 검찰총장이 직무에 복귀한 것과 관련해 "법원의 결정을 존중한다"며 "국민들께 불편과 혼란을 초래하게 된 것에 대해 인사권자로서 사과말씀을 드린다"고 밝혔다.강민석 청와대 대변인은 25일 서면브리핑을 통해 이같이 전했다.문 대통령은 "법원의 판단에 유념하여 검찰도 공정하고 절제된 검찰권 행사에 대해 성찰하는 계기가 되길 기대한다"며 "법무부와 검찰은 안정적인 협조관계를 통해 검찰개혁과 수사권 개혁 등의 후속조치를 차질없이 추진해 나가야 할 것"이라고 당부했다.이어 “특히 범죄정보 외의 개인정보를 수집하거나 사찰한다는 논란이 더 이상 일지 않도록 하기 바란다”면서 검찰에 대한 경고성 메시지도 내놨다. 법무부가 윤 총장 징계 사유 중 하나로 짚었던 ‘주요 사건 재판부 분석’, 즉 판사들에 대한 개인정보 수집을 비록 법원이 징계 사유로 받아들이진 않았지만 “매우 부적절하다”고 지적한 부분을 염두에 둔 발언으로 보인다. 서울행정법원 행정12부는 전날 윤 총장이 추미애 법무부 장관을 상대로 낸 정직 2개월 징계 처분 집행정지 신청을 인용했다.재판부는 "문 대통령이 지난 16일 신청인에 대해 한 2개월의 정직 처분은 징계처분 취소청구의 소(본안소송) 사건의 판결선고일로부터 30일이 되는 날까지 그 효력을 정지한다"며 일부 인용 결정을 내렸다. 윤 총장의 임기가 끝나는 내년 7월까지도 본안 판결이 내려지기 어려운 점을 고려하면 윤 총장의 징계는 사실상 무산됐다고 볼 수 있다.
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