기묘사화는 중종반정으로 유교적 정치질서가 회복되면서 중종 14년인 1519년 11월에 조광조, 김정, 김식 등의 신진사류가 왕도정치를 이상으로 하는 지치주의 실현에 주력하여 많은 성과를 거두었으나 남곤, 심정, 홍경주 등의 훈구 재상에 의해 화를 당한 사건이다.
 
왕에게 철인군주의 이상을 강요하여 중종이 등을 돌렸고, 반정공신 위훈 삭제를 주장하여 훈구세력을 공격하자 이들은 계략을 꾸며 조광조를 비롯한 신진사류를 제거했다. 정치 체제가 왕도정치의 실현을 뒷받침할 만큼 성숙하지 못한 상황에서 일어났기 때문에 실패하고 말았다.
 
중종은 쫓겨난 신진사류를 등용하여 연산군의 악정을 개혁함과 동시에 대의명분 및 오륜을 존중하는 성리학의 장려에 힘썼다. 이러한 새 기운 속에서 점차 정계에 두각을 나타내기 시작한 것이 조광조 등 신진사류였다.
  조광조는 1515년 성균관 유생 200인의 추천으로 관직에 올라 왕의 신임을 받았다. 중종의 신임을 받은 조광조는 성리학으로 정치와 교화의 근본을 삼아 고대 중국 하·은·주 시대의 왕도정치를 이상으로 하는 지치주의(至治主義) 정치를 실현하려 하였다.
 
과거제도의 혁신을 위해 현량과(賢良科)를 설치하고 많은 신진사류를 등용해 유교 정치 구현의 터전을 마련하였다. 향약(鄕約)을 실시해 지방의 상호부조와 미풍양속을 배양하는 데 힘썼으며, 교화에 필요한 『이륜행실(二倫行實)』과 『언해여씨향약(諺解呂氏鄕約)』 등의 서적을 인쇄, 반포하였다.
 
그의 지치주의 정치의 업적은 여러 방면에서 성과를 거두었으나, 이상주의적인 왕도정치는 구현 과정에서 저돌적이고 급진적인 면이 많아 도리어 증오와 질시를 사게 되었다. 철인군주(哲人君主)의 이상과 이론을 왕에게 역설한 것이 오히려 강요의 인상을 주게 되어 왕마저도 그의 도학적 언동에 대해 점차 혐오감을 가지게 되었다. 청렴결백과 원리 원칙에 입각한 도학적인 태도는 보수적인 훈구 재상들의 미움을 불러일으키게 되었다.
  조광조 일파에 대한 기성 훈구세력은 1519년 반정공신 위훈삭제사건으로 폭발하였다. 중종반정공신 117명 중 76명은 뚜렷한 공적이 없어서 공신에 삭제되고 전답 노비를 국가에 귀속(歸屬)시키는 조처를 단행하게 되었다.
 
이러한 조처는 훈구세력들이 차지한 부당한 재원을 막고 사대부의 기강을 바로잡으려는 취지였으나, 결과적으로 그것은 훈구대신에 대한 도전 행위이기도 하였다. 이때 남곤과 심정 등은 조광조의 탄핵을 받은 바 있는 희빈 홍씨(熙嬪洪氏)의 아버지인 남양군 홍경주(洪景舟)와 손을 잡고 조광조 일파를 몰아낼 계략을 꾸미게 되었다.
 
중종도 조광조 일파의 강직(剛直)한 도학적 언동에 염증을 느끼고 있었던 터라 이때 홍경주 등이 올린 상소를 받아들여 조광조 일파에게 허물을 가려 벌을 주도록 명하였다. 조광조 등이 투옥되자 홍경주·남곤·심정 등은 이들을 당장에 처벌하게 하려 했으나, 이장곤(李長坤)·안당(安瑭)·정광필 등과 성균관 유생 1,000여 명이 광화문에 모여 조광조 등의 무죄를 호소하였다.
 
이때 경주인 손계돈은 성균진사로서 현량과에 급제하여 성균관에 머물고 있었다. 남곤이 훈구 대신들과 함께 승지와 시관들이 모르게 경복궁의 북문인 신무문으로 들어와서 일시에 일어나 그로 인해 청렴한 무리들이 나직(羅織: 없는 죄를 꾸며 만든 죄)의 음모에 모두 들어가게 되었다. 조정과 재야(在野)에서 점잖고 지위가 높은 사람들은 입을 다물고 지조를 바꾸었다.
  공은 도피하지 않고 궁궐에 나아가 위험을 무릅쓰고 홀로 항소를 올렸다. 그 충직한 위국 충정은 바르게 이해되지 못하고 오히려 임금의 노여움을 받게 되어서 능성(綾城)으로 유배의 명을 받게 되었다. 그래서 공은 한스럽게도 총명한 지성을 충분히 발휘하여 보국 위민 선정을 베풀 기회를 획득하지 못하고 하늘을 우러러 탄식하며 벼슬을 버리고 성주산 아래에 은거하게 되었다.
  ‘유곡(柳谷)’이라 자호(自號)하고 매화나무와 대나무를 심어 매죽헌(梅竹軒)이라 하였다. 임천에 유유자적하면서 성리서를 공부하며 평생을 보냈다. 철종 정사년(1859)에 사림들이 공의 염정강직(廉靜剛直)한 지조와 학문부섬(學問富贍)한 지성을 호소하여 조봉대부 사헌부지평(司憲府持平)이 증직(贈職)되었다.
  손계돈의 강직한 항소에서 정당한 개혁은 필요한 일이지만, 수용되지 않는다면 그 화는 피하기 어렵다는 것이 유감스러운 사적으로 마음 아프게 하는 것 같다.