지자체가 제안하는 특화산업 분야는 기존 산업 분야와 다를 수 있다. 지역 주력 업종에 대한 연구개발과 기술 지원을 강화하는 것만으로는 혁신을 일으키는 데 한계가 따른다. 지역의 미래 비전을 제시하고 발전을 촉발하려면 새로운 산업이 필요하다.
 
지역혁신, 지역 소멸 대응을 위한 연구개발 활동이 만족할 만한 성과로 이어지지 않는다면, 그 원인을 따져볼 필요가 있다. 지역의 특화산업은 이미 존재하는 산업기반에서만 출발하지 않는다. 미래를 위해 새롭게 구축하는 산업기반 위에서 싹틀 수도 있다. 유망산업, 유망기술이 뜨면 대부분의 지자체가 이를 따라가는 경향을 보이는데, 이에 대한 비판이 있는 것도 사실이다. 그러나 기존 산업기반으로는 지역 소멸에 대응하거나 지역혁신을 추진하기 어려울 수 있고, 안타깝게도 중앙정부의 예산이 유망산업과 기술에 쏠려있는 데 문제가 있다.
 
지역에 당장 필요하면서 빠른 자립화 시기를 앞당기려면, 정부의 예산 투입보다는 민간 추진을 우선 더욱 살피는 편이 효과적일 수도 있다. 지자체는 지역 내 다수의 연구개발 또는 산업지원센터를 갖추고, 이를 지역의 도로망, 전력망과 같은 인프라로 여기면서 관리·활용한다면 지역혁신 요람으로 서의 기능을 발휘할 수 있다고 본다. 지역혁신을 함께할 기관이나 기업 보유 수준은 지자체별로 천차만별이다. 이러한 자원이 부족한 곳일수록 지역 소멸 대응, 지역혁신이 더욱 절실한 지역일 공산이 크다.
  연구개발과 산업 지원 분야를 놓고 지자체와 출연연구기관 간 시각차가 크거나, 아예 의견을 개진할 대상조차 없는 지역도 있다. 이 경우 지자체와 출연연 간 균형을 맞출 수 있는 총괄 전담 기관을 두는 것도 좋은 방편이 될 수 있다. 지자체의 연구개발 기획을 지원하고자 출범한 기관들이 시나브로 지자체에 흡수돼 그 기능을 상실하거나, 운영에 어려움을 겪는 일이 되풀이되지 않아야 할 것이다. 지역산업 위기, 지역 일자리 부족을 넘어 지역 소멸까지 거론되고 있는 시점에 지자체가 주도하는 연구개발과 지역혁신 움직임이 미흡한 실정이다.
일부 지자체 주도의 우수 성과는 중앙정부가 지자체의 R&D 역량을 지원한 결과라기보다 해당 지역에 갖춰져 있는 인프라를 활용한 결과가 많다. 빠른 속도로 지역이 소멸 위기에 몰리고 있어 대응책으로 새로운 산업을 찾아 나서야 하는 이유다.