이명박 정부의 종합부동산세(종부세) 완화 이후 부동산세 교부금이 수도권 등 주요 광역자치단체에 집중돼, 지역 간 및 광역단체와 기초단체 간의 불균형을 심화시켰다는 주장이 제기됐다. 6일 민주노동당 이정희 의원이 행정안전부로부터 받은 2008년~2009년 종부세 교부금 내역을 받아 분석한 결과에 따르면 부동산 교부금은 재정자립도가 높은 서울 등 수도권 지역 및 광역자치단체에 집중된 것으로 드러났다. 이 의원에 따르면 정부가 종부세라는 명목을 거둬들인 세금은 '부동산 교부금'이라는 이름으로 전액 지방으로 보내진다. 하지만 지난 2008년 이명박 정부가 기존에 6억원 이상 가구별로 합산, 과세했던 종부세 대상을 9억원 이상 개인별 과세로 종부세를 완화시키면서 2008년에는 2조3000억원 가량 됐던 세수입이 이듬해에는 9700억원 상당으로 줄어들었다. 이에 정부는 예비비에서 1조8000억원을 긴급 편성해 2009년에는 예년(2조9000억원)보다 2475억원이 늘어난 3조1000억원이 지방정부의 부동산 교부금으로 지원했다. 하지만 서울시에 보내진 부동산 교부금은 전체 증액분(2475억원) 보다 많은 3757억원이 더 늘어난 것으로 나타났다. 이는 예년에 비해 84%에 증가한 것이다. 경기도에는 76%가 증가된 1434억원이 더 지급됐으며 경상남도는 세수가 큰 폭으로 줄어들어들었다는 이유로 61%가 증가한 1125억원이 증액된 것으로 조사됐다. 수도권 및 경남 등지의 부동산세 교부금이 대폭 증가한 반면, 광주와 전라남북도, 충청북도 등에 지급되는 부동산세 교부금은 큰 폭으로 줄어든 것으로 드러났다. 광주 867억원(70% 감소), 전라남도 947억원(42% 감소), 전라북도 621억원(42% 감소), 충청북도 334억원(29% 감소)가 각각 줄어들었다. 더욱이 서울 등 전국 광역지자체에 지급된 부동산 교부금의 총 합계는 총 1조여원으로 전년보다 141% 증가한 것에 비해 전국 기초자치단체에는 36%가 감소한 총 7551억원이 지급된 것으로 나타났다. 이 같은 결과는 광역지자체의 재정자립도는 평균이 41%인 반면 기초단체의 재정자립도 평균이 26%에 불과하다는 점에 비춰볼 때 광역단체와 기초단체간 부동산 교부금 불균형을 더욱 심화시킬 수 있다고 이 의원은 지적했다. 이 의원은 "지방재정 세수 부족과 불균형 문제를 해결하고 거래세 인하, 보유세 정상화라는 부동산세 원칙을 회복하기 위해 종부세 세율을 헌법재판소 결정 이전으로 돌리는 종부세 개정안을 7일 발의할 것"이라고 밝혔다.