정부가 동북아역사재단을 한국학중앙연구원·한국고전번역원과 통합하는 방안을 추진하면서 독도와 역사·영토 현안에 대한 국가 차원의 대응 기능이 약화될 수 있다는 우려가 커지고 있다.정부는 9월 3일 ‘공공기관 기능개혁 추진방안’을 발표하고 세 기관을 통합해 가칭 ‘한국학역사고전연구원’을 설립하는 방안을 제시했다.논란의 핵심은 통합 이후 독도 대응의 전문성과 신속성을 현재 수준으로 유지할 수 있느냐다. 동북아역사재단은 독도·동해 등 역사·영토 현안을 연구하고 관련 정책을 지원하는 역할을 맡아왔다.동북아역사재단 연구위원 비상대책모임은 6일 성명을 내고 통합 방침 철회를 요구했다. 연구진은 독도가 영토주권과 직결된 사안인 만큼 전문성을 갖춘 전담 조직이 상시 연구와 정책 대응을 맡아야 한다고 주장했다.특히 통합기관의 하위 조직으로 편입될 경우 독도 관련 의사결정이 늦어지고 전문 연구인력과 국제 학술 네트워크가 약화될 수 있다고 우려했다.울릉지역에서도 비슷한 목소리가 나온다. 주민들은 독도가 단순한 역사 연구 대상이 아니라 생활권과 맞닿은 영토 문제인 만큼 조직 개편 과정에서 독도 연구와 대응 기능이 후순위로 밀려서는 안 된다는 입장이다.지역에서는 기관 통합을 추진하더라도 독도 관련 연구와 영토 현안 대응 조직은 별도의 전문성과 독립성을 보장해야 한다는 요구가 나오고 있다.연구진은 정부와 국회에 통합 방침 재검토와 후속 절차 중단, 동북아역사재단의 역사·영토 대응 기능 강화, 연구자와 학계가 참여하는 협의 절차 마련 등을 요구했다.기관 통합 논의가 본격화하면서 울릉지역에서는 운영 효율성보다 독도 대응의 전문성과 지속성을 어떻게 보장할지가 핵심 쟁점으로 떠오르고 있다.
