1517년 마르틴 루터의 종교개혁에 대한 가톨릭 교회의 내부개혁이 18년간 계속된 트리엔트 공의회에 의해 진행되면서 가톨릭 교회는 여러 가지 교의적인 현안들을 결정하고 1563년 12월 제25차 회의에서 종결짓고 공의회는 폐막되었다.　이 공의회 이후 교회는 성인(聖人) 교황의 탄생과 새로운 수도회들의 설립으로 내부 개혁을 추구하였다. 그러나 트리엔트 공의회는 과거와의 완전한 단절을 통한 개혁이 아니라 교계 제도적인 법적 체제 하에서의 가톨릭 교회를 쇄신하는 과정이었기에 '참된 개혁'이라고 할 수 없었다.　가톨릭 교회의 참된 개혁은 1965년 폐막된 교황 바오로 6세가 끝낸 제2차 바티칸 공의회에 의해서 루터의 종교개혁이 있는 지 450년이 지나서였다.　세계 제2차 대전을 겪었던 교황 비오 12세가 서거하고 교황 요한 23세가 1958년 10월에 등극하면서 1960년 1월 로마 바오로 대성전에서 공의회 개최를 선언한다.　교황은 공의회의 정신으로 '아죠르나멘토(Aggiornamento)'란 표현을 쓰면서 교회가 현대 세계에 대한 생활의 적응 뿐 아니라 교회의 완전한 의식의 변화를 추구하였다. 교황은 자신의 수위권을 강조하기 보다도 모든 주교들과의 보편 교회적 연대책임을 강조하고 대외적으로는 비 가톨릭 신자들에게 가톨릭의 재일치 의향의 진정성과 희랍정교회 및 개신교에 대한 개방 의사를 표명하였다. 　제2차 바티칸 공의회는 1962년 10월11일 2,540명의 공의회 교부들이 교황과 함께 성베드로 대성당 공의회장으로 입장하면서 개막되었다. 공의회는 1962년 10월부터 1965년 12월까지 계속되었다. 교황 요한 23세를 이어 교황 바오로 6세가 등극하여 제2차 바티칸 공의회를 종결짓게 된다. 교황은 공의회 폐막전 과거의 사실을 속죄하기 위해 1054년 로마와 비잔틴이 서로 파문하고 그 결과 교회의 분열을 초래하였던 파문선고의 폐지를 진정으로 선언하였다. 공의회는 1965년 12월 8일 성베드로 광장에서 감명적인 폐회식을 하였다.　교황 비오 9세가 개막한 제1차 바티칸 공의회가 1670년 교황의 무류지권(無謬之權·교황의 가르침은 오류가 없다는 교권주의적인 교리)과 수위권(首位權·교황의 사목적인 권한)을 선언하고 1870년 7월 발발한 보불 전쟁으로 중단되면서 폐막되었다. 그 후 거의 100년이 지나서 제2차 바티칸 공의회가 열렸고 요한 23세에 이어 교황 바오로 6세가 1963년 6월 등극하여 공의회를 계속하면서 동방교회와의 대화,서구의 갈라진 그리스도교 교회들에 대한 개방,교회의 현대 세계와의 대화들을 공의회의 주요 목표로 내세웠다.그 후 교황은 예루살렘 성지순례를 통해서 그리스 정교회 총대주교 아테나고라스와 만나서 과거에 개의치 않고 서로 용서하고 모든 노력을 미래와 재일치에 집중시킬 것을 거듭 강조하였다.　이렇게 제2차 바티칸 공의회는 과거의 공의회들과 달리 교의적인 현안이 아닌 사목(司牧)적이고 에쿠메니칼 공의회의 성격을 강조하였다. 가톨릭 교회의 새로운 개방적 자세와 앞으로의 큰 변화의 징조였다. 공의회를 개막한 교황 요한 23세는 자신을 다른 주교들과 똑같은 주교이며 주교들의 형제가 되고자 했으며 통치조직의 맨 윗 자리를 원하지 않았다. 그리고 교회가 변화하기 위한 어떤 본보기를 주교들에게 보여 주고자 했다.또 권력의 피라미드 대신에 하느님 백성의 공동체를 제시하고자 했다. 　그가 말하는 '순례하는 하느님 백성'은 역사 속에서 걸어가고 배우고 발전하면서 성스럽기도 하고 죄를 짓기도 한다. 아직 목표에 도달하지 않았으며 하느님 나라를 혼동할 위험을 안고 있다 또 권력을 행사하기 보다는 봉사하고 지배하는 즐거움보다는 복음을 증언해야할 의무를 느껴야 한다고 역설했다. 요한 23세는 이런 공의회를 통해서 교회가 "영적으로 풍요로워지고 새로운 힘을 얻어 두려움 없이 미래를 맞을 수 있으리라"고 굳게 믿었다.　과거 교회는 "교회 밖에서는 구원이 없다"고 선포했으나 공의회는 "종교자유선언문을 통해 누구나 양심상 종교를 자유로이 선택할 수 있다"고 천명하였다.　공의회는 16개의 문헌을 선포하면서 교회 교의적인 면에서 중요한 '하느님의 백성 헌장(憲章)'과 대외적인 문헌인 '현대 세계의 교회에 관한 사목헌장'인 기쁨과 희망을 선포하였다.　'하느님의 백성'에서 교회는 외적이고 법적인 교계적 교회가 아니라 내적이고 영적인 공동체인 동시에 천상의 보화로 가득찬 교회로서 인간적 요소와 신적 요소가 결합된 조직체임을 선언하였다. 또 기쁨과 희망의 사목헌장에서는 현대 세계의 안간 실존을 고찰하면서 인간의 존엄,인간 공동체, 전 세계의 인간 활동,현대 세계 안의 교회 임무를 천명하면서 교회와 사회가 함께 발전해 나가야 할 주체로 선언하고 있다.과거 교회는 세상을 부정적인 면에서 고찰했지만 오늘의 교회는 세상을 하느님이 창조한 것으로 긍정적인 면에서 고찰하고 있다.