12일 열린 대통령실에 대한 국정감사에서는 여야 할 것 없이 최근 정치권의 '뜨거운 감자'인 세종시 문제에 대한 지적이 빗발쳤다. 민주당 홍영표 의원은 이날 오전 국회에서 열린 대통령실에 대한 국감에서 "국가에서 가장 중요한 것이 신뢰임에도 이 정부는 세종시 문제를 신뢰받을 수 없도록 일을 처리하고 있다"며 "이래서야 학교에서 교사들이 학생들에게 약속을 지키라고 어떻게 가르칠 수 있겠느냐"고 비판했다. 자유선진당 류근찬 의원은 "이 대통령은 대선 경선 당시 명품도시 만들겠다고 선거 공약하고 1년8개월이 지난 이제와서 손대는 것은 정권 잡고 수정하겠다는 음모를 실행하는 것 아닌가"라고 강하게 의혹을 제기했다. 한나라당 의원들 역시 친박계 의원들을 중심으로 세종시 논란에 대한 정부의 잘못된 대응 및 태도를 지적했다. 한나라당 성윤환 의원은 "정운찬 총리가 내정 직후 국정 파악도 못한 상태에서 국정 최대 현안인 세종시 수정을 언급한 점은 납득이 안 된다. 청와대와 사전조율 하에 언급한 것이 아닌가"라고 의혹을 제기했다. 같은 당 박보환 의원은 "정운찬 총리가 재검토 운운할 때 계획이 없었고 개인 소신이었다는데 계획없이 말해도 문제, 소신으로 말해도 문제"라며 "지난 정권을 아마추어 정권이라 비난했는데 이번 세종시 문제를 보면서 국민들이 이 정권을 아마추어 정권이라 해도 할 말 없다"고 강조했다. 같은 당 김동성 의원은 "세종시는 수정돼야 한다는 입장이지만 하겠다는 것도 안 하는 마당에 좋은 대안이 나올까 의문"이라며 "미리 구체적인 안을 마련해서 반발 예상되는 충청민들에게 미리 제시했다면 반발은 줄었을 것"이라고 지적했다. 그러나 같은 당 장제원 의원은 "세종시는 정부안이 나오기 전까지는 왈가왈부해서는 안 된다는 말에 적극 동의한다"며 "오히려 대통령의 고뇌에 찬 고민과 뜻을 대통령실이 제대로 관철을 못한다면 그런 대통령실은 없어져도 된다"고 강경한 입장을 보였다. 박재완 청와대 국정기획수석은 "신뢰와 약속을 어겼다는 지적은 저희가 겸허하게 받아들여야 한다고 생각한다"면서도 "세종시의 건설 목적이 행정기능이 중심인 자족복합도시 건설인데 현행법만으로는 이 목적을 달성키 어렵다"며 수정 불가피론을 폈다. 정정길 대통령실장은 "우리가 지금 추진하는 것은 선의에 있지 악의에 있는 것이 아니다"라며 "정치적으로 이 대통령에게 이득 있는 결정을 한다면 의혹이 있을 수 있지만 대통령이 정치적으로 엄청난 손해를 알면서 지지가 떨어지면서도 세종시 문제에 대해 고심하고 있다"며 이 대통령을 옹호했다. 박형준 정무수석도 "이 대통령은 국가를 책임지는 자세로 일관되게 고민해왔다. (세종시 문제는) 어떤 상황과 정 총리의 소신을 밝히는 자리서 촉발된 것으로 촉발된 이상 대통령실과 국무총리실의 입장이 다를 수 없다"고 말했다.