이재명 대통령은 4일 검사의 직접 수사 권한을 전면 폐지하는 내용을 골자로 한 형사소송법 개정안과 관련해 “국회 입법권을 부정할 만큼의 심각한 상황이라고 보기는 힘들다”며 야권의 재의요구권(거부권) 행사 요청을 사실상 거부했다.야권 일각에서는 이 대통령이 해당 법안에 대해 재의요구권(거부권)을 행사해야 한다는 주장이 나왔으나 사실상 거부권을 쓰지 않는 것으로 방향을 정한 것으로 풀이된다.이 대통령은 이날 청와대에서 주재한 국무회의에서 “거부권 행사는 단순히 의견이 다르다고 할 수 있는 것이 아니라, 삼권분립의 원칙이 위협받거나 헌정질서에 위반될 때 행사하는 것”이라며 “현재 법안은 그 단계에 이르지 않은 것으로 보인다”고 밝혔다.
 
이 대통령은 이번 개정안을 거부권 행사 대상이 아닌 ‘사법체계 정상화의 단초’로 평가하며 법안 시행의 필요성을 강하게 피력했다.이 대통령은 “수십 년 동안 검찰은 수사, 기소, 영장 청구 등 형사사법 체계 전반에 걸쳐 과대한 권한을 행사해 왔다”며 “이러한 비정상적 시스템 아래서 무소불위로 권한을 악용하며, 있는 사건을 덮거나 표적 수사·별건 수사를 관행처럼 되풀이했다”고 강도 높게 비판했다.이어 “그 과정에서 무고한 국민이 감내하기 어려운 피해를 입었고, 묵묵히 직무를 수행한 대다수 검사들까지 정치검찰이라는 오명을 뒤집어써야 했다”며 “수사와 기소의 분리는 비정상적 시스템을 정상화하는 첫 출발이자, 모든 권력기관을 국민의 통제 아래 두는 사필귀정의 조치”라고 강조했다.
 
다만 이 대통령은 "또 한편으로 보면 경찰의 수사권 독점과 비대화에 대한 우려가 커지고 있다. 이를 보완하기 위한 제도 정비 등의 후속 조치가 필요하다"고 주문했다.이 대통령은 "특히 새로운 수사 시스템의 정착 과정에서 국민이 억울한 피해를 보지 않도록 수사 공정성, 수사 역량 제고에 작은 빈틈도 없어야겠다"고 당부했다. 
 
아울러 검찰을 향해서는 “대표적 공익의 대표자이자 인권 수호자로서 책임을 충실히 수행해 달라”고 주문했으며, 경찰을 향해서도 “뼈를 깎는 자세로 내부 비리를 근절하고 민주적 통제를 강화해 믿음직한 국민의 경찰로 거듭나야 한다”고 당부했다.