중앙선거관리위원회가 지난 6·3 지방선거가 끝난 뒤 한 달 가까이 투개표보고시스템을 다시 열어 투표수와 후보자 득표수 등을 수정한 것으로 드러났다.선관위는 단순 오입력을 바로잡은 것이라고 해명하고 있지만, 선거가 종료된 이후에도 투개표 관련 수치를 변경할 수 있었던 사실이 확인되면서 선거 관리의 허점과 사후 수치 조정 논란이 불거지고 있다.국민참정권 침해 진상규명을 위한 검경 합동수사본부(본부장 김태훈 서울중앙지검 3차장검사)도 지방선거 이후 투개표보고시스템이 세 차례 재오픈된 정황을 파악하고, 이 과정에서 이른바 '숫자 맞추기' 등 부적절한 수치 조정이 있었는지 들여다보고 있다.19일 중앙선관위가 국민의힘 김은혜 의원실에 제출한 '6·3 지방선거 투개표보고시스템 수정 내역'에 따르면 선관위는 지난 6월 10~11일과 15일, 7월 8일 등 세 차례 시스템을 재오픈해 일부 데이터를 수정했다.특히 7월 8일에는 김천시의원 선거와 관련해 재검표 결과를 반영하기 위해 개표마감자료를 삭제해 달라는 요청을 받아 수정이 이뤄졌다.
 
같은 날 시흥시 연성동과 신현동의 시의원 후보 득표수도 착오 입력됐다며 수정했다. 전북 전주시완산구에선 교육감선거 투표수를 994명에서 1104명으로 수정했고, 이에 따라 후보자 득표수도 증가했다.지방선거 이후 한 달이 지난 시점까지 득표수 수정이 이뤄진 것이다. 선관위는 "이전 선거에서부터 계속 선거 종료 후 일정 기간을 정해 투개표보고시스템을 재오픈해 오입력된 투표함 수, 투표용지 교부수, 개표마감시각을 수정하게 했다"고 설명했다.선관위는 이번 지방선거뿐 아니라 지난해 대통령선거, 2024년 국회의원 선거 당시에도 시도별 담당자에게 메일을 보내 투개표시스템 수정 일정을 안내했다.2025년엔 6월 11∼12일, 2024년엔 4월 15일에 시스템을 재오픈했다. 선관위는 2024년 총선 당시 수정안내 메일을 보내면서 "개표결과에 대한 정보공개 청구 및 국회요구자료가 들어오고 있다. 이에 불필요한 의혹을 제거하고자 다음과 같이 요청드린다"고 쓰기도 했다.선관위는 "해당 데이터들은 외부 공개되는 자료가 아니다"며 "투표함 2개(투표지 2천매)를 20개로 오입력했다고 해서 그 안에서 나온 투표지 수량이 2000매에서 2만매로 늘어나는 것이 아니며, 투표함 실물 2개, 투표지 실물 2천매인 것은 변함없다"고 해명했다. 그러나 최종 실물 수량만 맞추면 된다는 식의 사후 보정 방식은 투·개표 과정의 신뢰성을 훼손한다는 지적이 나온다.선관위의 투표 통계 조작 의혹은 조만간 출범할 선관위 특검에서 수사를 이어갈 예정이다. 전날 임명된 이태한 특검은 이날 합수본부장을 맡고 있는 김태훈 차장검사를 만나 사건 이첩과 파견 인력 등을 논의하고 특검 수사에 대한 협조를 구할 것으로 보인다.