한수원 본사 전체가 떠나기는 쉽지 않다. 다만 한수원 수출사업본부를 경주시 도심권에 물색 중이라는 사실 확인을 두고 국감에 도마 위에 올랐다. 수출사업본부는 한때 세종시 인근으로 옮긴다는 말이 있었기도 했다. 　 경주시 양북면 장항리에 자리 잡은 한수원 본사는 경주시민들이 절대적인 지지로 유치된 방폐물유치지역법에 근거한 보상임에도 한수원 일부 부서의 이전은 약속 위반으로 논란이 되고 있다. 특별법 취지에도 어긋나고 정부 신뢰를 실추시키는 행위라는 지적이다. 　 국회는 일부 부서의 이전 추진은 법률 위반 소지가 있으며, 지자체와의 신뢰 관계를 깨뜨려 고준위 방폐장 건립에 악영향을 줄 수 있다는 의견을 내놓고 있다.　 하지만 한수원 본사가 깊은 산속에 위치해 지역 상권 활성화 효과가 미흡하다는 지적에 따라 본사 기능을 도심과 연결하는 도심 이전이 지역 발전 과제로 논의가 활발하다. 　 한수원 본사 건물은 토함산을 기준으로 시내 반대편의 협곡이다. 이런 시골에 본사가 들어온 건 문무대왕면 일대에 방폐장이 들어선 데 따른 대가다. 방폐장 유치 당시 유치에 따른 인센티브로 한수원 이전을 내걸었기 때문이다.　 한수원 본사 유치 당시에도 경주시에서는 시내권에 이전을 원했으나 방폐장 인근 주민들이 강력히 반대해 결국 현재 위치로 이전하게 되었다. 본사 건물 위치가 워낙 외진 곳이다 보니 대중교통이 부실해 논란이 있었다. 　 버스를 타려면 본사 근처의 장항삼거리 정류장에서 탈 수 있는데, 경주터미널에서 100번이나 150번 등이 지나가긴 가나, 모두 경주역까지는 가지 않는 노선으로 교통 불편을 겪고 있다. 택시를 이용하면 복합할증이 적용되어 택시비가 만만치 않다. 그리하여 경주시와 새천년미소 측에서 2016년 5월부로 700번 노선을 연장하여 평일에 35분 간격으로 운행하기로 합의하기도 했다. 　 한수원 본사는 서울특별시 강남구 삼성동 아이파크타워에 있었다. 아이파크타워는 원래 HDC현대산업개발 본사가 있던 건물이다. 그런데 시골로 이전하면서 한수원 수출부서의 수출 업무에 불편이 심각한 수준이다.　 한수원 본사 수출본부 도심 이전이 국정감사에서 거론된 것은 현안 해결에 기폭제가 되고 있다. 수출부서 도심 이전 진행 과정이 국회 국감장에 공개되면서 해묵은 숙원이 풀릴 수 있을 것이란 기대에 부풀어 있다. 대안으로 옛 경주대 부지가 유력하게 거론되고 있다.