윤진숙 해양수산부 장관 내정자는 15일 이한구 새누리당 원내대표가 '윤 내정자가 임명되더라도 식물장관이 될 것'이라고 발언한 것과 관련, "어처구니 없는 이야기"라고 반박했다. 윤 내정자는 이날 오전 MBC라디오 '손석희의 시선집중'에 출연, "관료사회를 모르는 분이 들어간다면 식물적인 것이라고 얘기할 수 있겠지만, 저는 그동안 정책입안 과정에 있어왔고 연구를 해오는 등 그 부분에 대해 전문성이 있기 때문에 식물장관이 될 수 없다고 생각한다"며 이 같이 말했다. 그는 "그렇다면 제가 있었던 연구기관에서 본부장으로 있었던 한국해양수산개발원 해양연구본부가 식물부처였다는 말씀인지 다시 한 번 묻고 싶다"고 불쾌감을 표시했다. 자신을 둘러싼 자질 논란에 대해서도 "저는 17년 동안 해양수산 관련 정책을 수립하는 연구소에서 연구활동을 계속 해왔고, 해양수산부 정책입안 과정에 굉장히 많이 참여해왔기 때문에 전문성이나 정책입안 능력에선 문제가 없다고 생각한다"며 "정무적인 능력이 부족한 것은 사실이지만, 새 정부의 국정기조에 맞춰 열심히 한다면 별로 문제가 없을 것"이라고 강조했다. 그는 인사청문회에서 미숙한 태도를 보여 논란을 자초한 것과 관련해 "나름대로 충분히 준비를 준비했다고 생각했지만, 청문회가 거의 경험해보지 못한 정치무대이다 보니 굉장히 긴장해 표현을 제대로 못했다"며 "한번 막히기 시작하니까 별로 생각이 안 났다"고 해명했다. '정책분야에 대한 비공개 청문회를 다시 하자'는 새누리당 일각의 제안에 대해선 "그럴 수 있다. (정책분야도) 사실 대비를 했어야 하는데 부족한 점이 있었던 것 같다. 앞으로 이런 부분은 개선해 나갈 수 있도록 노력하겠다"고 말했다. 그는 '청문회 이후 청와대로부터 전화를 받은 적이 있느냐'는 질문에 "직접 전화를 받은 적은 없다"고 답했다. 윤 내정자는 당초 박근혜 대통령이 해양수산부 장관직을 제의했을 때 두 차례 고사한 이유에 대해 "저보다 나은 분이 굉장히 많을 거라고 생각하고 사양했다"고 밝혔다. 이어 "하지만 그 때 곰곰이 생각해 본 결과, 제 전문성이 국익에 도움이 될 수 있다고 생각해 장관직을 수락하게 됐다. 지금도 그 생각은 변함이 없다"면서 "제 성격상 한 번 약속하고 책임을 맡게 되면 끝까지 수행하는 스타일"이라고 말했다. 윤 내정자는 해양수산부의 입지를 둘러싼 논란과 관련해선 "어떤 부처라도 법을 제정할 때는 법제처, 예산 등은 기획재정부와 굉장히 긴밀한 관계의 네트워크가 중요한데 (그동안) 따로 있으면서 어려웠던 점이 없지 않았던 것으로 안다"며 "중앙부처가 있는 곳에 같이 있어야 여러 가지 네트워크나 시너지 효과가 있다고 생각한다"고 '세종시 입주론'을 주장했다.
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